Tal y como establece la normativa, las empresas serán directamente responsables de las bonificaciones aplicadas en sus boletines de cotización y de los incumplimientos de las obligaciones establecidas; por tanto, independientemente de las obligaciones que se le exigen a las entidades organizadoras, se recomienda a las empresas la custodia de, al menos, copia de toda la documentación relacionada con la actividad bonificada por la cual se ha aplicado bonificación.

Los pagos correspondientes a la actividad formativa bonificada deberán estar realizados antes del último día hábil para la presentación del boletín de cotización del mes de diciembre del ejercicio económico que corresponda.

Como regla general, se hallará en base a la masa salarial de la empresa bonificada, teniendo a disposición de los órganos de control competentes para su acreditación las copias de los TC's correspondientes al año anterior, pero también puede ser calculado individualmente con el coste/hora de cada uno de los trabajadores que han realizado el grupo bonificado. Por otro lado, siempre que sea objeto de requerimiento, se debe aportar no solo la documentación acreditativa, sino también el detalle del cálculo.

Como regla general, no es admisible la imputación del IVA como coste formativo bonificable, excepto para las entidades exentas o no sujetas al impuesto.

La empresa agrupada que imparte la formación deberá facturar directamente a cada una de las empresas incluidas en la Agrupación o facturar a la Entidad Organizadora, para que ésta, a su vez, se encargue de facturar a cada empresa sin coste añadido.

A efectos contables, la bonificación puede considerarse como una subvención y, por lo tanto contabilizarse de la siguiente manera:

— Dado su carácter específico, se puede optar por abrir una cuenta contable en el subgrupo 74 («Subvenciones a la explotación») que se podría denominar y numerar como «Ingresos por formación en el empleo».

— En cuentas del subgrupo 75 («Otros Ingresos de Gestión»)

El coste interno de un trabajador se calcula de la siguiente forma: 

Salario Bruto Anual (incluida la prorrata de pagas extras) + Seguridad Social a cargo de la Empresa Bonificada  + Aportación a Planes de Pensiones  + Dietas y locomoción  + Complementos a cargo de la empresa / Número de horas anuales trabajadas según convenio o contrato laboral.

En el caso de que el número de horas anuales trabajadas sea inferior a 1.750 horas, se deberá justificar a través del correspondiente convenio o contrato.

La Seguridad Social a cargo de la empresa supone, como regla general, un 32% de la base de cotización teniendo como límite las bases máximas de cotización del año objeto del cálculo.